卵巢囊肿的治疗方法主要是手术治疗。必要时需要配合化疗药物进行治疗。
如果卵巢囊肿为良性，有生殖需求，可以采取手术摘除，尽量保存正常的卵巢。若无生殖需求，则需将一侧或两侧的输卵管及卵巢摘除。卵巢囊肿为恶性肿瘤，应尽量将原发囊肿和转移灶进行切除，术后应在腹腔中放置导管，并通过腹腔内注入化疗药物来进行预防。
手术后，患者应该注意休息，不要过度劳累，以免撕裂伤口。
巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
卵巢囊肿的治疗方案包括有良性的治疗，也包括有恶性的治疗，如果是良性的囊肿的话，病变比较小，而且比较轻微，大多是由于炎症感染所引起的病情。可以选择合适的药物进行治疗，可以取得良好的治疗效果，如果是囊肿比较大，出现有局部压迫的症状，需要及时进行手术治疗，如果是恶性病变的话，就需要及时进行手术治疗、放疗、化疗或者联合治疗。
卵巢囊肿是卵巢的良性肿瘤，它的治疗办法要看卵巢的囊肿大小。如果超过5cm的治疗办法是要考虑腹腔镜下微创手术，做卵巢囊肿的剥除手术。因为卵巢囊肿直径一旦超过5cm，容易形成卵巢瘤蒂扭转或者破裂，形成妇科急腹症，也是需要及时开腹进行急诊手术的。
非手术治疗方式是卵巢囊肿治疗的常见手段，非手术治疗卵巢囊肿的方法很多，常见的治疗方法有中医中药，药物治疗，物理治疗方法等。由于不同卵巢囊肿治疗方法具有各自的优缺点及适应症，为更好的发挥各种卵巢囊肿方法在治疗卵巢囊肿方面的积极作用，避免治疗误区，要注意病情。
需要手术治疗，平时注意劳逸结合，不要过度劳累，避免高度紧张及精神刺激，保持乐观开朗的心情，增强机体的免疫力，平时注意保暖避免感冒受寒。加强体育锻炼，增强体质。生活要规律，避免熬夜。不要吃肥腻，油煎，霉变等食物。如果在进行卵巢囊肿治疗禁止吃生冷，辛辣刺激的食物，狗肉羊肉等温热食物也不可食用。控制体重，严格限制热量的摄入和长期坚持锻炼身体。调整月经周期，月经期间禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动。
