三个月宝宝晚上哭闹厉害可能是由于缺钙，受到惊吓，蛔虫症引起的可能性较大。可以到正规医院儿科就诊，明确情况，根据孩子的具体情况，做出针对性的治疗，平时注意休息，避免熬夜，保证孩子充足的休息和睡眠，给予孩子腹部进行热敷，如果是母乳喂养的话，母亲不要吃辛辣刺激性过大的食物，不要吃过凉的食物。
新生儿神经功能发育未完善，神经较为敏感，外界的不良刺激很容易引起孩子惊醒，哭闹。部分剖腹产婴儿尤其缺乏安全感，需要在父母的怀中才能安睡。家长与孩子靠的近一些，同时保持室内环境安静，舒适，防止不良刺激影响。
宝宝一直在哭的话，可以拿一些平常比较喜欢的玩具之类的作为转移注意力的方式，或者一些宝宝没有玩过得东西给宝宝玩，分散宝宝的注意力。当感觉宝宝要吃奶睡觉的时候，可以给一些米糊，营养米粉之类的给宝宝吃饱一点，宝宝吃饱了，就不会想着奶了，当然前提下是没有给宝宝含奶头睡觉的习惯。
宝宝晚上哭闹如果很长一段时间都是这样的话需要去医院检查是什么原因引起的，平时多注意宝宝，看看哭闹前也没有做什么事，如果只是偶尔这样得话，可能是宝宝脾气比较大得缘故。
大多数情况下，孩子并没有生病，可能是饿了，增加奶量或者其他辅食会缓解；或者孩子吃的不合适、吃的过多过杂引起的积食导致消化不良、腹痛，从而夜间哭闹；再就是孩子受到惊吓、睡眠的环境改变、与亲人分离等出现的焦虑、睡觉哭闹不安。
可能是孩子患有某些疾病导致的，为了明确诊断可以到医院进行相应的检查。如果孩子没有器质性的疾病，可能还是属于夜惊症。可以看看是否有缺钙，如果枕发稀疏，夜惊、哭闹、烦躁、出汗，考虑低钙所致。
