核磁共振的检查是没有什么痛苦的，不痛，只是在做检查前，医生会让患者配带鞋套和给点棉球当耳塞，把耳朵堵上。因为核磁共振的检查就是声音会响，做的时间会长，但是不会痛。
核磁共振和ct，ct辐射大。磁共振是人体细胞内的氢原子核在强大的磁场空间内，产生共振运动，经过一系列重建技术转换成磁共振图像用于临床诊断，所以磁共振是没有电离辐射的。而CT却是利用X线成像原理形成图像的，所以CT是有X线电离辐射的。
胸部核磁共振在胸部主要用来检查肋骨、脊柱。了解肋骨是否存在骨损伤，是否存在肋骨骨折，若存在肋骨骨折，可了解是陈旧性肋骨骨折或者是新鲜肋骨骨折；了解脊柱是否存在压缩性骨折及骨折的情况，还有是否存在脊髓损伤。胸核磁共振在肺部的应用很少，因肺多为含气囊腔，都用CT检查，核磁共振对肺部的检查效果不佳。核磁共振还可以用于纵隔脏器的检查。
怀孕期间可以进行核磁共振检查，因为孕妇有肥胖、羊水不足、胎儿已经进入盆内，或者是产前超声无法确认的情况。
可以为胎儿胃肠道和消化道的异常情况提供更多的补充资料。建议孕妇和家人不要害怕核磁共振会产生辐射，也不要担心会对胎儿的发育有什么影响。在怀孕的3个月内，胎儿正处在细胞的分化发育阶段，因此要避免做核磁共振。
种植牙能做核磁共振，种植牙中的种植体所用的材质是纯钛，钛是目前所知生物相容性最好的金属，而且是无磁性金属，在很大的磁场中也不会被磁化，所以种植体本身对核磁共振检查是没有影响的。
体检项目不包括核磁共振。一般体检项目包括体格检查，实验室检查，各个脏器彩超，胸部透视或者X线，肺部CT，胃肠镜检查等。如果有特殊情况或者特殊疾病，可以要求医生开具核磁共振的检查单。
