支气管镜检查风险比较大，支气管镜是属于侵入性的一种操作的，检查过程中可能会有引起窒息，局部的出血，黏膜损伤的可能性，局部会使用麻醉药物，一般不适症状不会很明显的。
支气管镜检查有危险。支气管镜是一种非常成熟的检查方法，其风险很低。过敏、心脏骤停、多源性呼吸暂停、大出血引起的窒息等并发症是最常见的并发症。在进行支气管镜检查后要注意的事项有两个小时内禁食，避免误吸。在半个小时内不要发出声音，避免声音嘶哑、咽痛等。鼓励患者咳嗽、咳痰、保持气道通畅。同时要注意咯血，少量咯血不需要特别治疗，咳血量大的时候要及时向医生报告。
通过支气管镜检查，可以有以下作用，不明原因之咳血，不明原因声音沙哑者，不明原因横膈上升者。肺癌诊断及分期的依据，利用支气管镜做切片以得到组织诊断。良性支气管病变之诊断。诊断弥漫性肺部疾病。
支气管镜检查时间与检查医生以及患者本身需要进行的检查项目有关。如果仅进行一般检查，检查气道内的问题，如咳嗽查因，则可能很快就可以检查完毕，一般5分钟以内。这不包括术前麻醉过程。如果患者需要做活检、灌洗，可能时间会相对延长，约15-20分钟左右。如果患者病情更复杂，可能是气道狭窄，需放支架，则需要0.5-1个小时左右。具体检查时间需要根据实际情况而定。
检查术后注意休息，要严格卧床休息，免剧烈活动，支气管镜检查以后，防止麻药并发症，包括出现误吸或呛咳等症状，应两小时内禁止进食，要求采取患侧卧位。少数在术后会出现咯血，如果咯血量多，会进入正常支气管，出现窒息风险，所以术后要求取患侧卧位。
支气管镜检查后会咯血，若量较少，多数属于正常现象。主要由于在进行支气管镜检查过程中，会引起鼻腔、支气管黏膜损伤，出现少量咯血。再者，在此项检查过程中，若有异物存在，活检时也会出现支气管咯血。需要注意的是，若咯血量在可控范围内，不用特殊处理；但是若咯血量较大时，则要引起高度重视，要及时查找原因进行处理，避免出现窒息，危及患者生命。