动眼神经麻痹会导致患者的眼球活动出现异常，内收不能，向上向下活动均受限，治疗上主要根据引起动眼神经麻痹的病因来进行治疗。如果是考虑脑血管方面因素引起的，比如因为中脑的梗死，导致动眼神经麻痹，一定要给予改善脑供血，活血化瘀的药物。
动眼神经麻痹是迟发性脑干周围神秘损害，临床多见于诱发性脑白质病复发损害脑干导致临床症状，要抢时间做磁共振才能定性治疗，否则继续恶化会导致更严重的病情发生。
动眼神经麻痹是可以治疗的，可以给予营养神经，促进神经恢复的药物进行治疗，最好还是要配合一些物理治疗，例如针灸治疗，如果有感染，要使用消炎的药物。再做眼部的热敷，按摩，促进血液循环也有助于恢复。
治疗上主要根据引起动眼神经麻痹的病因来进行治疗。如果是考虑脑血管方面因素引起的，比如因为中脑的梗死，导致动眼神经麻痹，一定要给予改善脑供血，活血化瘀，急性期时可能会选择溶栓、降纤、抗凝、抗血小板聚集治疗，还有要给予脑保护依达拉奉的静点，来减轻脑神经功能的损伤，同时要控制病人的血压、血脂还有血糖。
若是出现的动眼神经麻痹，那么恢复时间是比较长的，但每个人的情况不太一样。这种疾病目前恢复比较缓慢，而且很有限，大部分患者都是不能自行恢复，只有少部分轻微的患者可以通过功能锻炼来修复。这种情况可以用中医的针灸治疗方法，或者是用中西医结合的方式治疗。
首先探明病因及病因治疗。对于原因不明的动眼神经麻痹的可以给予肾上腺皮质激素。如果动眼神经麻痹持续3个月以上，在恢复过程中，再生的神经伸向其它部位，从而引起奇异的眼球运动。在症状固定后，可以行手术治疗减轻复视。