严重的口腔溃疡治疗，需要全身加局部治疗相结合，局部治疗可以使用一些止疼类药膏，也可以使用促进局部愈合型药物，全身用药主要是使用增强免疫力类药物，如果溃疡继发感染，可以使用抗生素类药物进行治疗。
想要尽快促进口腔溃疡好转，可在平时配合局部药物与含漱液治疗，能够发挥抗炎抑菌的疗效。
局部药物常见于口腔贴片，如意可贴醋酸地塞米松口腔贴片，所含醋酸地塞米松为糖皮质致激素，具有较强的抗炎功效。在溃疡部位贴敷之后，患者5分钟左右即可感受到疼痛感缓解，多数患者使用2片后可见溃疡愈合。同时，为进一步减轻溃疡炎症反应，可搭配复方氯已定含漱液、维生素C片等药物辅助治疗，都可起到不错的缓解效果，利于缩短病程。
注意在治疗期间，应保持清淡的饮食结构，可以适当吃些维生素C含量丰富的食物，如菠菜、大白菜、小白菜、生菜、苦苣等，这类食物口味清淡，既可补充身体营养改善免疫，也有助于减轻食物对黏膜的刺激，利于溃疡愈合。
口腔溃疡癌变比较严重，可能会表现成口腔溃疡还有癌性溃疡。手术只能切除看得见的肿瘤，对于残存在血液和淋巴中的癌细胞无能为力，所以术后也要做好巩固治疗，以防复发和转移。
如果口腔溃疡特别的疼痛，已经严重影响正常咀嚼时，可以使用百分之一浓度的普鲁卡因或者百分之二浓度的利多卡因稀释后漱口，可有效止痛；如果炎症特别明显，可以用百分之0.1浓度的曲安西龙软膏涂抹溃疡处。
考虑前期的口腔溃疡没有彻底治疗好，导致周而复始的复发。治疗口腔溃疡可以使用专业药品，待口腔溃疡完全褪去再停止用药。另外，治疗期间，注意口腔卫生，多漱口（以饭前、饭后为主），多刷牙，少食味重的食物。
