大多数人只有在穿刺时才会感觉到轻微的疼痛，就像针刺一样。羊水穿刺是由专业医生操作的侵入性检查。为了达到更好的穿刺效果，医生会在穿刺前对孕妇进行超声波定位，并在超声波监测下选择最合适的部位进行穿刺，以避免对胎儿造成伤害的可能性很小。
羊水穿刺有稍微的痛感，一般可以忍受，类似于针扎的感觉。高龄产妇有过染色体异常或者是家族遗传倾向疾病的，在医生指导下做羊水穿刺，羊水穿刺准确率较高，但有一定的风险，一定要慎重考虑。
婴儿做腰穿会使用麻药的，穿刺时有一定的疼痛，但是完全是可以忍受的，不会很痛，一般不会出现后遗症，如果怀疑有颅内感染等疾病，可以做一下检查，再选择治疗，因为腰椎穿刺脑脊液可以明确的反映颅内是否有感染以及颅内压力的情况，对于病情的判断和治疗有非常明显的意义。
盆腔积液一般分为两种情况，一种是少于100毫升的叫做生理性盆腔积液会自行吸收，不需要治疗，还有一种是病理性的，就是由于炎症或者恶性肿瘤引起的盆腔积液通常都大于100毫升，可以考虑选择盆腔积液穿刺化验的办法来确诊。
巧克力囊肿实际上是子宫内膜异位症的一种，如果囊肿不大，疼痛不明显，可以不要用药治疗，如果囊肿较大，或在疼痛明显可以采取囊肿穿刺抽液或者是直接手术治疗，囊肿穿刺一般用于未婚的，或者是已婚有生育要求的，囊肿中等大小的，可以在B超引导下穿刺，疼痛有一点，但可以忍受。
一般情况下，脑膜炎患者做穿刺时有一定的疼痛感。
脑膜炎穿刺指行腰椎穿刺术，需在病人腰椎第3-4或第4-5椎间隙入针穿刺蛛网膜下腔，测脑脊液压力并保留脑脊液标准化验。通常穿刺前会用利多卡因进行局部麻醉，因此病人通常仅有打麻药的痛感，类似于通常皮试的痛感。穿刺时，可出现轻度胀痛感，如果医生操作不但，伤及神经根时，可出现放电样痛，但疼痛程度不重。
