巧克力囊肿做B超可以检查出来，但是不能确诊的，只不过单纯的显影有囊肿但是，具体不知道是哪一类的，需要做手术，将组织做病理，才能确诊巧克力囊肿如果已经确诊了，而且直径超过了3cm，就要考虑是否采取手术了，因为保守治疗已经不能治疗好了，甚至还会导致了囊肿的破裂，还是采取手术方法更好的促进卵巢组织健康。
巧克力囊肿是可以通过妇科检查的方式来判断巧克力囊肿的主要发病部位，对于子宫内膜异位症的病人来讲，是很容易产生触痛感的，巧克力囊肿的直径会小于十厘米左右。可以通过腹腔镜检查。
巧克力囊肿常伴有原发、继发不孕史或继发性痛经，或有不明原因的盆腔疼痛和性交痛等。去内诊检查，囊肿下缘有明显的触痛。腹腔镜检查是诊断最可靠的方巧克力囊肿法之一。因此可以通过有效的检查手段到专科医院明确病因后对症治疗以免延误病情。
巧克力囊肿术后是能怀孕，所以不要担心，需要看一下平时的月经情况的，怀孕前需要全面体检看一下，注意看看经期的情况是否规律或者预防囊肿反复的情况，巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症的一种临床表现。因为妊娠可使子宫内膜停止生长，所以巧克力囊肿术后应尽早妊娠可以提高受孕几率。
巧克力囊肿不严重是可以治疗好的，可以采用中药治疗并定期随访检查，中药通过活跃肝脾之脏腑，可以达到调节气血平衡、全面调理内分泌系统进而治疗巧克力囊肿的目的，但是也可以选择其他治疗方法，比如保守性手术、激素疗法等。
巧克力囊肿是子宫内膜异位引起的，每来一次月经子宫内膜脱落，巧克力囊肿都会有一些变化的，巧克力囊肿会引起继发性痛经，那么平时就要注意，不要猛起猛蹲。避免扭转，不要激烈运动。
