生理性卵巢囊肿包括卵巢潴留囊肿、黄体妊娠囊肿。生理性囊肿一般初次发现，病程短，一般月经干净后复查彩超可以消失。病理性卵巢囊肿一般病程持续半年以上，做彩超可疑卵巢子宫内膜异位囊肿，或卵巢畸胎瘤或交界性肿瘤或卵巢癌，一般需要手术治疗。
巢囊肿一般是内分泌失调引起的，属于良性病变，生长缓慢，如果小于6个厘米，可以先观察，暂时不用手术治疗。建议平时养成良好的生活习惯，适当锻炼，增强体质，肥胖，适当减肥，过度肥胖对卵巢功能是有影响的。保持良好的心情，不要过度紧张。
对良性、非赘生性、囊肿的直径大小在5厘米以内，又无任何症状的卵巢囊肿，不必作特殊处理，大部分可被机体吸收，自然消失。如果囊肿的大小超过5厘米，定期观察时有发展趋势，或囊肿发展快、增大明显，则应入院手术治疗。手术为卵巢囊肿切除术，输卵管卵巢切除术，附件及全子宫切除。
要看囊肿的大小，如果B超检查囊肿三四个厘米或者更小，应该是生理性的囊肿，是不需要治疗的，可以等下次月经后再做复查，生理性的囊肿会自然消失。如果目前检查超过五厘米，可以先做一下卵巢肿瘤标记物的检测再决定是否手术。
临床上，没有超过5cm的卵巢囊肿一般会自行消退，注意观察即可，不用进行特殊的处理。如果卵巢囊肿超过5厘米，且随访观查2个月也没有减小，通常符合手术指征，建议患者采用囊肿剔除和附件切除手术进行治疗。如果短期内患者的体重减轻，且发现卵巢囊肿增长速度很快，则有可能是恶性的卵巢囊肿，也是需要及时进行手术治疗的。
