生理性腹泻是由母乳原因造成的，解决的根本办法就是换奶，药物治疗是不能解决根本问题的，当改吃牛奶或其他乳品后一般都能奏效，对于生理性腹泻婴儿应加强护理，应及时换尿布，用温水清洗臀部及会阴部，并用软膏涂抹，否则就有可能引起臀部皮肤发红，甚至局部感染。
宝宝生理性腹泻可通过以下方式进行处理。
儿童乳糖不耐受、受凉或进食过多可能会引起宝宝生理性腹泻，如果宝宝的症状较轻，则建议适当补充锌剂、微量元素；如果宝宝症状比较严重，建议家长在医生的指导下给患儿服用一些胃肠黏膜保护剂或调节肠道菌群的药物进行治疗。
注意病情好转后家长也不能放松警惕，要注意早晨起床后，及时打开窗户，呼吸室外新鲜空气，同时保持室内空气流通。
宝宝生理性腹泻1-3个月左右能好。
生理性腹泻以6个月内婴儿多见，外表虚胖，常伴湿疹并在出生后很快发生腹泻，除了大便次数的增加，未见其异常症状，食欲良好，对它的生长发育没有影响，通常1-3个月左右能好。如果是感染性疾病引起的腹泻，可表现为发热、腹痛和呕吐等症。
此外，腹泻症状渐渐改善，可给予婴儿口服益生菌，以调整胃肠功能。
宝宝吃母乳的时候造成乳糖不耐受，就是属于生理性的腹泻，吃了不卫生的东西造成的拉肚子，这是属于病理性的。这两种的方法很好区分，是生理性的，就要吃益生菌调理肠道。属于病理性的就要吃药控制。
生理性腹泻多见于6个月以下的婴儿，其外观虚胖，常有湿疹，出生后不久即腹泻，每天大便次数多，甚至十几次，每次大便量不一定很多，其中含少量水分，一般没有特殊腥臭味。一般需要抗感染、收敛、助消化等药物治疗，如果生理性腹泻是由母乳原因造成的，解决的根本办法就是换奶，当改吃牛奶或其他乳品。
宝宝在拉肚子期间尽量不要给他注射预防针，因为接种预防针的前提是孩子身体健康，才可接种，否则容易加重病情，另外出现反应后不易区分判断反应结果，好了之后再接种也不迟，如果宝宝在腹泻状态下没有任何其他疾病，像轮状疫苗这种口服的疫苗还是在宝宝腹泻治好以后再打。