巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。
女性有巧克力囊肿最典型的症状就是痛经。观察一下囊肿的大小来决定治疗方案。如果巧克力囊肿比较大，并且位置并不是很好，那么还是尽早的手术治疗比较好一些。可发生剧烈腹痛、甚至休克，并伴恶心、呕吐。只要确诊，即立即手术切除。
发生巧克力囊肿主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产可引起输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。也可能和压力过大等因素有关。
巧克力囊肿是由内分泌因素引起，这是常见的病因。卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要，囊肿多发生于内分泌旺盛的生育年龄，所以认为与内分泌失调有关。也可能因长期久坐造成，由于长期久坐或姿势不佳，月经前及月经期常有剧烈疼痛，导致经血逆流入输卵管、卵巢，引起下腹痛、腰痛，尤其有厉害的经痛，此即所谓巧克力囊肿。
出现巧克力囊肿症状要警惕，巧克力囊肿囊壁常常很薄脆，具有一种自发破裂的倾向。破裂后，小的破口可以很快自行愈合，并与周围组织形成粘连；如破口较大，则无法自行愈合，其浓稠的巧克力样囊内液可流入腹腔，这种巧克力样液体的刺激性极强，可刺激周围的腹膜，引起剧烈的腹痛，如果处理不及时，还可能导致弥漫性腹膜炎，造成致命的后果。
持续一定时间后都可引起肾积水，必要时可以考虑手术治疗的，目前可以采取抗炎、利尿治疗的，要注意休息，忌辛辣刺激性食物的慑入，禁止喝啤酒，少吃或者不吃面食。特别是手术后一个月内尽量别吃豆类。
