腭裂不仅有软组织畸形，部分腭裂还可伴有不同程度的骨组织缺损和畸形，腭裂在进食以及语言等生理功能方面，远比唇裂严重，所以唇腭裂的多学科综合序列治疗就极为关键。部分腭裂还可伴有不同程度的骨组织缺损和畸形。
软腭裂手术的成功率是百分之八十，新生儿的组织单薄，机体抵抗力低，经不起手术打击，所以不主张此时手术。最好的时机是6-9个月，此时有一定抵抗力，门齿已萌出，及时手术还可避免上门齿外突畸形。事实证明术后恢复也快。腭裂手术时间要再晚些，为病儿口腔太小时手术进行困难，但最好不得迟于5岁。
对于唇腭裂患者的最佳手术时间，原则上是越早治疗越好。唇裂手术在患者机体免疫力健全的情况下，最早可在出生后24小时内手术，也可在出生3个月后，因为这时不仅婴儿的免疫力较强，可以耐受感染，而且这时机体的组织细胞也都很幼稚，不易形成瘢痕，为术后畸形恢复，创造良好的条件。而腭裂手术最早也要在婴儿出生后6个月以后进行。
具体的手术种类也是需要做好术前检查来确定，同时要注意平时的护理，术后做好消毒，消炎治疗，是有利于控制症状，平时也是要注意选择易消化流质的食物为好，有利于身体的恢复。腭裂手术费用每个医院也是不一样，可以根据孩子具体的情况选择治疗的方法。
腭裂瘢痕可以祛除的，如果是疤痕体质不可以去除的，如果是手术遗留的疤痕是可以的。治疗的方法一般是需要通过激光的方法治疗，还可以外用疤痕膏的方法涂抹治疗。要结合自己疤痕的程度选择治疗方法。使用激光祛疤痕的结果显著。对于细小的疤痕，祛疤彻底，几乎看不到任何印迹，激光祛疤没有副作用，且只对病变的位置皮肤进行处理。
