免疫系统疾病非常多。免疫系统具有免疫监视、防御、调控的作用，就可以出现免疫系统疾病，平时最常见的是过敏原因造成的免疫性损伤。产生抗体，发生免疫，而造成发病。也可能是自身免疫性疾病所以会出现自身免疫损伤破坏性疾病，可以出现结缔组织病，风湿关节炎，系统性红斑狼疮等，以及多发性硬化症，重症肌无力脱髓鞘病变，慢性甲状腺炎，溃疡性结肠炎、甲亢、甲减等。还有肺肾出血性综合征，自身免疫性的肾小球肾炎。
自身免疫性肝病检查有肝功能，血常规，免疫球蛋白等。
如果是自身免疫性肝病，则需要进行一项自身免疫的抗体，如抗核抗体，抗线粒体抗体，抗肝细胞抗原，这些抗体可以作为诊断自身免疫性肝炎，自身免疫性的肝硬化的一种抗体，所以我们在自身免疫性肝脏疾病中，需要进行常规的生化影像学检查，同时也要进行一些特殊的自免疫性抗体的检测。
自身免疫性肝炎的化验检查，包括以下检查：
1、行肝功能的检查：发病的初期患者谷丙转氨酶和谷草转氨酶可以轻到中度的升高，异常升高的时候，常常提示急性肝炎或者其它的疾病，碱性磷酸酶迅速增高，表明可重叠原发性、胆汁性肝硬化或并发肝癌。
2、免疫学方面指标：病人可有各种自身抗体阳性表现，主要有抗核抗体、抗平滑肌抗体、抗中性粒细胞胞质抗体等。
3、组织学变化：典型组织学变化为肝汇管区有大量淋巴细胞及浆细胞浸润、侵犯周围肝实质而形成界面性肝炎，中、晚期可见到肝纤维化和肝硬化。
本身免疫性肝脏疾病的分类并没有什么实际的指导作用。
在医学上，一般都是分为三型，在中国，在2015版的一份关于自身免疫性肝炎的专家会议上，也有关于自身免疫性肝炎的讨论，这是一种由自身免疫的病毒引起的，可以按照自身的抗体来划分。一种自体免疫性肝炎，通常是由抗核抗体、线粒体抗体、抗平滑肌抗体、可溶性肝抗体、甚至是其它抗体呈阴性。
自身免疫性脑炎可治愈。
自身免疫脑炎在临床上常见到的一种疾病，主要是由感染或者其他因素导致人体免疫系统受到损害而出现一系列反应性炎症的现象。从字面上看，自身免疫性脑炎与自身免疫有关。在临床上属于一种罕见病症，主要是因为患者本身患有严重的疾病或者受到外界刺激等原因引起的脑部病变。通俗地说，自己体内产生某种抗体，非但不能保护病人的身体，相反，它要去袭击脑组织，由此引发脑炎等病症。一旦出现这种情况，那么很可能会发展成为慢性或亚急性重症感染而危及生命。通常表现反应迟钝，精神行为异常和癫痫发作。
另外，还应该进行血液免疫学检验和血清学检测等其他方面的检查和诊断。诊断自身免疫性脑炎需完善脑脊液抗体检测，如病人症状相符，并且脑脊液抗体检查是阳性结果，就可以确诊。治疗以给予较大剂量的激素冲击或静脉输入丙种球蛋白为主。
除了谷草、谷丙升高外其他肝功能指标如血清胆红素、碱性磷酸酶均可升高；但重要的是诊断免疫性肝炎主要金标准还是自身抗体检测如抗线粒体、抗体抗核抗体、抗平滑肌抗体等。自身免疫性肝炎实验室检查以y（伽马）-球蛋白升高最为显著一般为正常值的2倍以上肝功能检测胆红素、谷草、谷丙、碱性磷酸酶均可升高另外血清白蛋白、胆固醇降低反映了自身免疫性肝炎以肝细胞损害为主的特征。
