最基础的区别就是硫酸软骨素是单方药物，而氨糖软骨素是氨基葡萄糖和硫酸软骨素复合而成的复方药物。其次硫酸软骨素可以和水分子结合，滋润关节部位，主要作用是促进关节软骨再生。而氨糖软骨素中氨基葡萄糖可以保持关节软骨的代谢平衡、促进胶原蛋白的合成、修复损伤的关节软骨，氨糖软骨素主要作用就是改善关节问题。
硫酸软骨素在十到二十元左右一瓶。硫酸软骨素主要是从猪的喉骨、鼻中骨以及气管这些软骨组织中提取制得的，它是一种酸性粘多糖成分。主要用于高脂血症，能够有效的预防冠心病、心肌梗死、冠状动脉粥样硬化以及心肌缺血性疾病。
这种药物价格在200元-300元左右，是治疗高血脂症的一个药物，可以用于预防和治疗冠心病、动脉粥样硬化、心绞痛、心肌缺血等，能够显著的降低血液胆固醇，防止动脉粥样硬化的形成。对于慢性肾炎和慢性肝炎的病人有辅助治疗作用。
进入人体之后可以活化淋巴巨噬细胞，从而增强人体的免疫力，起到延缓机体衰老的作用。而且这种鲨鱼软骨素中的钙离子含量也比较多，可以改善因骨质疏松而导致的腰膝酸软，增加骨骼的韧性，能够防止股骨头坏死。但是需要注意它本身属于发物，有过敏性疾病的人群慎用。
硫酸软骨素主要作用是减少关节部位的疼痛，对于关节积液、关节囊肿、膝关节狭窄等症状有明显的改善作用。作用机理主要是通过自身水分吸收蛋白多糖，从而使软骨增厚，对于关机软骨变薄导致的诸多表现有很好的改善作用。
硫酸软骨素的主要作用是降低血脂，有轻微修复软骨、促进软骨再生的作用，有一定缓解关节疼痛的作用，还能预防冠心病。而氨糖软骨素的作用是减轻关节炎症，缓解关节疼痛，抑制关节软骨破坏酶，促进软骨修复。硫酸软骨素一般都是药品，具有明确的治疗作用。而氨糖软骨素有一部分产品属于保健品，对于其产品成分的监管和控制并没有药品严格。