卵巢畸胎瘤分为成熟型畸胎瘤和未成熟型畸胎瘤两种类型，分别采用不同的外科方法进行处理。
成熟型畸胎瘤多见于青年女性，一般应行手术切除；未成熟型畸胎瘤也是比较常见的，是恶性肿瘤，需要考虑到肿瘤的分级，以及外科治疗的范围。若从保存生殖能力的角度来看，应选择一侧辅助手术；在不需保留生殖能力的情况下，可以采用手术治疗，将患侧附件切除掉。
多数可以怀孕，生理性的卵巢囊肿，可以自然消失，生理性囊肿对不孕没有影响。但如果是病理性的卵巢囊肿，往往会发生一些不良的后果，像腹痛、扭转、感染，还有极个别的发生恶变，会因为对内分泌和排卵的影响而导致不孕。
检查发现卵巢畸胎瘤是需要手术治疗治疗的。首先，需要手术明确卵巢畸胎瘤的性质，手术方式可以选择开腹手术术，或者微创腹腔镜手术，目前多选择腹腔镜微创手术，损伤小恢复快。如术前高度怀疑恶性或绝经女性可选择附件切除术。术后定期复查即可。另外，如果卵巢畸胎瘤为不成熟畸胎瘤，即为恶性情况，术后需要配合化疗来进行治疗。
宫外孕和卵巢囊肿可以一起动手术的，宫外孕术后，半年之内要避孕，让身体逐渐恢复，同时要经过检查，确定是否具备正常怀孕的条件。可以做输卵管造影等相关检查，确诊输卵管是否通畅，排除盆腔炎、腹膜炎等妇科炎症。
腹腔镜手术在进行手术的时候是全麻的，所以手术中不会觉得疼。手术后会因人而异，有些人不觉得疼，术后恢复良好，很快就出院了。而有的人会觉得很疼，觉得穿刺口疼，小肚子憋疼，恶心呕吐，这个时候需要用止疼的药物，这个手术现在都是用腹腔镜做的，对病人损伤小，疼痛小，恢复快，值得选择。
如果是很大的，第一个是卵巢的储备率下降，对卵巢功能造成损害。特别是恶性的，如果两侧卵巢都切除，会提前出现更年期；如果是良性的、切除单个的，甚至＜5cm这类的病例，切除后并发症是很少的。
