巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起。正常的子宫内膜组织出现在盆腔的地方。随着月经周期的变化，异位的子宫内膜会出现出血，引起局部包块。因为包块内容物是褐色的，所以叫巧克力囊肿。子宫内膜异位症主要是可以引起月经的紊乱，引起严重的痛经症状。
巧克力囊肿可采用中医中药调理治疗，具有清热去湿，活血化瘀，养血补气的功效。腹腔镜手术治疗，应为内异症的首选治疗方法。症状及病变均严重的无生育要求的可行此手术。也可以吃一些西药。
一般所说的生理囊肿多指，黄体囊肿，或者黄素囊肿，或者滤泡囊肿，多为女性一个月的生理变化过程，由生理变化所引起的，例如黄体囊肿，则是在排卵后，黄体峰值期，因黄体素持续分泌，从而形成潴留囊肿，但随着月经的来潮，下次月经的开始，黄体峰值期的衰退而消失或者缩小。
巧克力囊肿症状：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。
患有巧克力囊肿是因为内分泌失调所致。卵巢是产生卵子并且排卵、内分泌激素、平衡内分泌的一个重要生殖器官，而左附件巧克力囊肿的问题高发于内分泌旺盛的生育年龄。如果确诊了就应该及时治疗。
囊肿都是一个良性的疾病，一般不需要特殊的治疗，定期复查就可以了，超过五厘米的情况下，才建议手术治疗，手术可以采用微创手术，微创手术的治疗效果好，创伤小，恢复快等优点。
