主要还是首先明确引起肠套叠的诱因，比如肠炎、腹泻、高热、季节性添加辅食、受凉、肥胖等，病毒感染等。所以在平时还是要防止各种因素出现。首先应避免腹泻，尤其是秋季腹泻，要注意科学喂养，不要过饥过饱、随意更换食品，添加辅助食品要循序渐进，不要操之过急。要注意保暖，防止受凉。
肠套叠的病因尚不明确，可能有以下几方面:
第一，饮食改变，出生后4-10个月会添加辅食，增加乳量，肠道疾病高发，婴儿肠道无法适应添加食物的刺激，肠道功能紊乱导致肠套叠。
第二，回盲部解剖因素，婴儿回盲部游离性大，回盲瓣肥厚，小肠系膜较长，婴儿回肠、盲肠直径较大，会有丰富的淋巴结组织，因炎症和食物刺激导致充血、水肿、肥厚，肠蠕动将回盲瓣向前推，牵拉肠管。
第三，感染病毒，肠道叠与肠道内腺病毒、轮状病毒可能有关。
第四，肠痉挛，自主神经失调，因食物、腹泻、炎症、细菌、寄生虫、毒素刺激肠道，肠蠕动功能节律紊乱，逆蠕动。
第五，遗传因素。
肠套叠是临床常见的腹部疾病之一。肠套积症发生在婴幼儿儿童中，成人肠重积的概率不高。另外，肠套叠最常见的临床表现为腹痛、便血、呕吐、腹部包块4征。现在，患者只具备肠套叠的临床表现中的最初的2个，由于腹部没有出现包块，所以肠套叠的诊断缺乏现在的证据。明确的诊断被诊断为需要腹部的透视。
有些孩子在肠套叠后，经过保守的整复，可以避免复发，但也有少数的孩子会复发。
肠套叠后局部的肠管壁水肿，引起复套，这是一种常见的病因，尤其是在肠套叠后，穿孔后，局部水肿，造成肠套叠前度。肠套叠经过保守整复后，胃肠功能失调而引起的复套。器质性的原因导致的肠套叠，引起腹部疼痛，必须通过手术来根治。如果单纯的进行保守的观察，是无法根治的，最常见的就是器质性疾病。
小孩肠套叠可能是活动度较大、肠道肿瘤等原因造成的。
小儿回盲区系膜不能完整的稳定，导致了肠套叠的发生。5%的继发者是年长儿，肠套叠者肠道可能存在明显的力学原因，比如梅克尔息室在回肠腔中是肠套叠的起始部位，而肠息肉、肠道肿瘤、小肠反复畸形、腹型紫癜肠壁上的血肿等都有可能导致肠套叠，应注意及时就医并治疗，以免造成更为严重的情况。
