肛瘘是肛周脓肿发展到一定程度形成的，一般不可自愈，发展到一定程度后会产生严重的危害：肛瘘导致流脓感染，疼痛、瘙痒，坐立不安，随着病情的发展，肛门组织受到破坏，容易产生肛门失禁；由于大量的炎症和细菌侵袭，出现了恶变的危险。早期肛瘘发生存在潜在的危险，早治疗可有效防止危害的产生。肛瘘早期治疗方法有药物治疗、传统手术等。
肛瘘要看检查的结果，是低位肛瘘还是高位的肛瘘，肛瘘一般选择手术治疗，低位肛瘘手术时，可以直接切开内口与外口之间的组织，切除瘘道。高位肛瘘，要看瘘道的具体走向及深浅而决定手术方式，一般高位的肛瘘，是需要挂线治疗的，防止损伤括约肌。
这段时间饮食需要清淡，不能吃辛辣刺激性的食物，需要多吃新鲜蔬菜和水果，避免干燥。有囊肿肛瘘是需要通过手术来治疗的，用药是没有什么效果的，因为本身已经肛瘘里面都是脓了，必须切开，排出来之后才能完全治好的，所以现在需要去医院检查。
可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
二级疼痛。肛瘘大多采用拔线手术，术后要定期绷紧线，这主要是为了保持橡皮筋的作用，可以起到慢性切割、绷紧线时有疼痛症状，一般一个月后肛瘘手术后要用橡皮筋绷紧线将基本拉紧。
