确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
附件巧克力囊肿症状有：痛经、性生活痛、月经不调、腹膜炎和不孕，建议腹腔镜手术剥除囊肿，分离盆腔粘连，预防巧囊复发，建议尽快完成生育计划，以免出现避孕症，建议当地医院妇科就诊检查。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症引起的。对于巧克力囊肿的治疗，除了进行手术以外，不论是采取哪一种治疗方法，都有可能复发。是要根据自己的年龄以及生育要求等进行分析，选择合适的治疗方法。
卵巢巧克力囊肿，直径达到或超过3厘米者，应接受手术，清除“炸弹”爆炸的危险。此时手术多采取巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，传统剖腹手术或腹腔镜手术都能达到治疗目的。术后还需要服用药物巩固疗效。
左附件巧克力囊肿不一定要手术。附件区的巧克力囊肿，就是得了子宫内膜异位症，如果囊肿比较大，并且症状比较明显，也就是痛经，需要做手术治疗。如果囊肿不是很大，症状也不明显，没有明显的痛经，暂时可以保守治疗。
巧克力囊肿主要是因为子宫内膜异位症引起的，如果卵巢内有巧克力囊肿，而且囊肿比较大，是可以考虑手术治疗的。做巧克力囊肿的切除手术再月经干净以后，选择比较正规的医院，做巧克力囊肿的切除手术，手术以后也需要定期复查。
