生理性尿分叉，主要是由于尿道或尿道开口处临时有阻塞，男性射精后因部分精液还残存在尿道中，海绵体充血尚未完全消失，导致尿流不畅。病理性尿分叉是经常的或长期的排尿分叉，很可能与一些疾病相关。长期尿分叉大多由于后尿道或尿道口处狭窄，或因慢性炎症后形成瘢痕，导致尿液不能通畅排出。急性尿道炎、前列腺炎期间，由于尿道充血、肿胀、分泌物增多，可影响尿流的通畅而出现分叉现象。
最常见的尿分叉原因就是前列腺炎。前列腺炎、尿道炎由于尿道充血、水肿、分泌物增多，尿液流动会受到影响，所以尿液不能通畅排出，导致尿分叉。另外，包皮过长、包茎也可以导致尿道外口部分狭窄，所以尿分叉。
尿分叉的原因与尿道粘膜不光滑（如炎症、新生物）、尿道存在分泌物、尿道口不规则等因素有关，可以见于前列腺炎、前列腺增生，尿道炎、疤痕、尿道口异常等。所以引起了尿道尿液动力学发生了改变而导致尿分叉。
尿分叉是因为尿道阻力的增加导致，另外还有生理因素也会导致尿分叉，比如早起排尿时由于膀胱聚集大量尿液，排尿时尿道外口可能暂时闭合引起排尿分叉，这是一种正常的生理现象，不需要治疗，常见的男性患者就是前列腺炎、前列腺增生，由于前列腺炎导致的尿道水肿，可以引起尿道阻力增加，引起排尿分叉。
尿分叉尿不净是出现了神经性尿频，与心情有很大的关系，要避免出现焦虑。平时要尽量避免喝过多的水，可以配合使用中药，加上局部针灸进行治疗，配合使用镇静的药物，营养神经药物。
