腱鞘囊肿部分可以自愈，有一部分严重的不能自愈。
肌腱囊肿与腕部的过度疲劳、或是长期患有关节炎等相关的病症有关，其中腱鞘囊肿与其它的病症相比具有自我修复的趋势，一些不需要进行有效的处理就会自行消失。腱鞘囊肿并不是特别的严重，可以通过推拿来减轻肿痛。如果病情加重，并且腱鞘囊肿过大后很难恢复，并且会造成更大的损伤。
因此，如果是不能自行消失的腱鞘囊肿，可以通过针灸和外科的方式来进行，而外科治疗通常是用于针灸来解决无效的。
典型表现为腕部、足背部等局部皮下圆形或椭圆形囊性肿物，一般无痛。是可以进行挤压的，可以自己轻轻按摩囊肿，但避免暴力挤压或用重物敲击囊肿。腱鞘囊肿的发生可能与局部损伤或劳损有关。腱鞘囊肿一般不会有明显的表现，只要多注意休息和观察即可。
但是随着腱鞘囊肿的增大，出现了相应的神经、血管等症状，要及时的进行治疗，可以采取穿刺抽吸-药物注射法、手术治疗、关节镜治疗等方式进行治疗，以免损害机体的健康。
腱鞘囊肿可以通过烤电来进行改善，但是只能起到缓解作用。
烤电主要是为了加快血管内的血液流通，加快囊液的吸收，但对于肌腱鞘囊肿，则只能略减轻症状。所以如果囊肿很大，对周边组织造成很大的压力，需要用针筒进行抽吸术，也可以通过外科切除囊。厅要适当注意休息，病情严重者更要卧床休息，散步的时候，应当注意配合深呼吸，避免受凉。
腱鞘囊肿手术治疗后还有可能会复发。
腱鞘囊肿的产生与工作和体育相关，如果经常屈伸腕关节，很可能导致腕部的腱鞘囊肿和腱鞘炎，反复的屈伸踝关节和反复的跑步等疲劳的运动都会导致腱鞘囊肿或腱鞘的感染，在手术完全的切除之后，在一段时间之后，如果进行一系列的工作和锻炼，不小心，仍然是疲劳的反复的运动，导致了肌肉的反复屈伸，导致了局部的炎症，从而导致了囊肿的产生。所以在做完了腱鞘囊肿之后，不注意经常做重复的动作，再做疲劳的活动也会导致肌腱鞘囊肿的再次出现。
腱鞘囊肿手术一般2个星期左右能恢复。
腱鞘囊肿通常出现在手上，在肢体的末梢，例如手腕，手指，脚背，通常需要两个星期的时间，之后三天换一次，两周拆线，拆线之后一星期内要注意不能接触到水和沐浴，这时候可以进行适度的屈伸运动，但要注意不要做过于频繁的屈伸关节，以免出现肌鞘囊肿。恢复期间，患者应避免提拿重物，以免影响手术治疗的效果，导致恢复时间延长。
足背腱鞘囊肿的情况下，保守治疗无效，应及时进行外科治疗。术后要注意伤口的清洁和干燥，同时要注意换药，避免接触到水，以免引起细菌的化脓性感染。通常伤口在两周后就会痊愈。术后要多休息，不要做太多的运动，以免出现腱鞘囊肿复发。足背腱鞘囊肿手术后一般2周左右能恢复。足背腱鞘囊肿手术在术后3天左右，是切口肿胀最明显，1周左右伤口基本逐渐平稳，2周可恢复即可拆线。
