少数的孩子在打完疫苗一天之内会出现体温升高、身体没有劲、心情郁闷、困意连连等现象，个别孩子也可能出现肚子痛、上吐下泻等消化系统疾病，这时孩子的体温都在38.5摄氏度以下。
有可能会出现硬结、红肿甚至包块，多发生在接种疫苗的当天或者是第二天，2到3天以后可以慢慢的消退，如果局部肿胀特别严重可以进行热敷，多数是不需要特殊处理的。接种疫苗以后的全身反应，表现为发热、皮疹、恶心、呕吐、精神状态差、烦躁不安、腹泻等。
新出生的宝宝乙肝疫苗一般要打三针，出生的时候打一针，生后一个月的时候打第二针，半岁的时候打第三针，如果不记得可以看下预防接种本，每个新生儿出生后都会建一个本子，上面有每个月要打什么疫苗针，都安排好了，只要按时带宝宝去防疫站接种就可以了。
注射乙肝疫苗后的不良反应有局部的红肿及硬结短暂的炎症反应，一般2-3天自行消退。发热低中度发热一般会自行消退，高热的话及时就医。部分患儿会出现头痛、头晕、全身无力、恶心，呕吐，腹痛、腹泻等症状。
甲肝疫苗主要分甲肝减毒活疫苗、和灭活疫苗两大类。减毒活疫苗用量较小，免疫时间持续较长，但不良反应相对也较大。灭火疫苗产生免疫效果维持时间短，需要多次注射，不良反应相对较少。儿童打甲肝疫苗后，可出现注射部位局部红肿及瘙痒、可出现硬块，会有发热、皮疹、头痛、恶心、浑身不适、食欲减退等轻微症状。
注射乙肝疫苗的婴儿，由于身体差异，少数婴儿会出现头晕、头痛、发热、寒战、恶心、呕吐、疲劳、易怒、困倦、皮疹、手臂酸酸或注射部位肿胀、发热、硬化等类似于一般疫苗接种的轻微症状，一般会缓解。
