通常情况下，宝宝得了疱疹性咽炎可以吃清热解毒的药物，比如口炎清颗粒、蒲地蓝口服液等。而对于合并有周围口腔、咽喉部黏膜急性感染的宝宝，一般可酌情联合使用抗生素抗感染，常用青霉素类、抗菌素、头孢菌素类的抗菌素。但如果宝宝呈现反复出现的高热症状，还可以使用一些退热的药物，比如布洛芬混悬剂。
宝宝如果长时间吞咽困难，出现脱水、体力不佳的情况，还可酌情考虑，输液行补液及支持治疗。
疱疹性咽峡炎是因为宝宝感染了肠道病毒而引发的症状，与儿童手足口病是同种类病毒，一般伴有发热症状。有的孩子可能几天就会痊愈，但有的孩子可能会接着出现手足口病。虽然是病毒感染的自限性疾病，但是因为发病孩子多年龄幼小、抵抗力低，所以有些重症患儿的病情往往进展迅速，不容小觑。建议家长带孩子到儿科就诊，查血常规、肠道病毒检测等检查，再对症抗病毒治疗。平时要注意勤洗手，多漱口。
宝宝疱疹性咽炎很难自愈。具体内容如下：
虽然理论上病毒感染是自限性的，疱疹性咽炎也是病毒感染，但得了这种病后，孩子会出现咽痛、流涎、不能进食，甚至发烧。这种病还是有一定传染性的，要早期及时治疗。如果不治疗，病毒会继续发展，不仅会导致疱疹病毒消失得太晚，还会引起其他并发症。所以发现疾病就要隔离。孩子疼痛剧烈，食欲不佳。要吃容易消化的清淡饮食，不要吃刺激性的东西。可以在口中喷开喉剑或利巴韦林喷雾剂，然后对症治疗。可以吃一些清热解毒的中药，也可以用一些开胃或者对症的治疗来降温，观察。该病可能需要7-10天左右，症状就会减轻或消失。
一般情况下，宝宝疱疹性咽炎大多是由病毒感染导致的，主要是对症治疗，注意护理，有发烧可以先用温水或酒精擦浴作物理降温，超过38.5度时可以按说明服用美林降温药物，头部贴降温贴等防止高热惊厥。
在治疗方面主要就是对症的使用抗病毒的药物，比如临床上常用的阿昔洛伟。治疗期间家长要注意给宝宝保暖，适量喝温热水，促进新陈代谢，有利于促进宝宝身体恢复。
本病属于病毒感染性疾病，也属于自限性疾病，会出现体温升高，且发烧的持续时间为三至五天，整个病程会持续一周到两周。本病在感染病毒时，还存在一定的潜伏期，潜伏期为1到5天，时间长短因人而异。
小儿疱疹性咽炎是由科萨奇病毒引起的，夏季和秋季发病率最高。以口服清热解毒的中药配合抗病毒药物为主。大多数的孩子7天左右就会好。治疗期间要让孩子多喝水，不吃带有刺激性的食物。