在扁桃体隐窝处，会有食物的残渣残留积聚，长时间的不清理，就容易导致细菌感染，细菌的繁殖。久而久之就会形成不容易溶解的钙，镁等无机盐沉积在扁桃体隐窝中，慢慢就形成结石。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
扁桃体结石不严重，但是扁桃体结石会引起病人扁桃体胀痛、口臭、反复发炎等相关症状。扁桃体结石是由于长时间的辛辣刺激食物的摄入，不注意口腔卫生，从而导致扁桃体分泌物无法排出体外，在扁桃体上隐窝口处形成结晶，从而形成嵌顿。
扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝引流不通畅，导致内部存留的干酪样腐败物，一般会从口腔内咳出，呈淡黄色或白色，会伴随有异味。引起这类疾病的主要原因，会和反复发作的扁桃体炎或者不注意口腔卫生，食物残留于扁桃体隐窝内导致。
扁桃体结石是不会癌变，是上皮过度角化的疾病。扁桃体结石是扁桃体的一个慢性疾病，同时可伴有其他咽喉部黏膜的结石。扁桃体结石，主要是由于扁桃体的急、慢性炎症，导致扁桃体隐窝处的上皮过度角化，局部所形成的一种尖锐的沙粒状物，附着在扁桃体表面。
