发烧39度要用退烧药物或者物理降温的方法来退烧，可以选用非甾体抗炎药进行退烧，使用冰敷的方法，冰敷在腋窝下和额前，使用酒精擦浴的方法，同样在额部和腋下以及大腿内侧进行退烧。
一般情况下，两岁宝宝半夜发烧39度，可以通过药物治疗、物理治疗、日常护理等方法进行治疗。具体分析如下：
1.药物治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，属于高热的范畴，家长可以在医生的指导下使用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚混悬滴剂、小儿豉翘清热颗粒等药物给宝宝治疗。
2.物理治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，可以贴退热贴、用冰块冷敷额头、温水擦浴、等，达到物理降温的效果。
3.日常护理：平时多带孩子进行体育锻炼，具有增强体质的效果，还要多晒太阳。
两岁孩子发烧体温在39℃，这种情况属于高烧的表现。引起的原因不太清楚，可能与孩子抵抗力降低以后，受凉所引起的呼吸道感染有关系。同时也不排除其它疾病所引起。因此，需要带孩子到医院就诊，在医生检查下，来明确引起孩子出现高烧的原因，然后，给予积极的对因和对症治疗。使患者的发烧达到控制，病因得到消除，身体逐渐恢复健康。
2周岁的婴儿发烧39度，可以口服布洛芬或对乙酰氨基酚退热，如果体温继续上升，可以通过肌肉注射赖氨匹林针或退烧药物灌肠，通过血液常规来判断是否是病毒感染，如果是细菌感染，可以口服抗病毒药物，如果是细菌感染，可以口服抗生素和抗感染的药物。
如果血液检查没有发现异常，可以根据自己的经验选择抗生素和抗病毒药物，一天后进行血常规检查，确定是否需要进一步的治疗。
两岁半小孩发烧到39摄氏度，属于高烧的情况，可以通过以下方法进行治疗：
首先，家长需要给宝宝口服退热药，降低高烧的持续时间，如小儿柴胡口服液、对乙酰氨基酚、布洛芬等。家长也要注意用药时间的间隔，不可短时间内重复使用。如果小孩的高热持续不退，就需要到医院就诊，查明发烧的原因后，再对症进行治疗。
持续的高热容易引起小儿高热惊厥，家长一定要引起高重视。
两岁宝宝发烧39℃可以口服布洛芬或对乙酰氨基酚等退热药，同时补充液体量，多喝温热水。
除此之外，家长也可以给宝宝做物理降温，用温水擦拭颈部，腋下，腹股沟等大血管走行的部位能够帮助退烧，同时可以贴退热贴，但是不建议给孩子用酒精擦拭退热，因为酒精可以通过皮肤吸收，影响孩子对抗生素的使用同时，酒精吸收以后会对孩子的肝脏和肾脏产生毒性作用。