小儿在腹泻时多少都伴有肠道菌群的紊乱，可服用一些肠道微生态制剂，或肠黏膜保护剂。肠道微生态制剂和肠黏膜保护剂可以帮助缩短腹泻病程，效果良好。婴儿腹泻治疗方法具体还要看孩子的病情。病症重则需要去医院就医。
宝宝有腹泻的情况，考虑是有腹部受凉或是有消化不好的情况引起的症状，不可在家忙乱的用药，应到医院检查和治疗，要经医生开的消化和腹泻的药物治疗，保护肠胃膜，同时多喝水，以免引起脱水的情况。
反复腹泻不一定是肠癌。肠癌临床表现为拉肚子，也就是腹泻，血便，腹痛等，需要病理检查进一步明确诊断。而别的很多疾病也可以引起拉肚子，比如功能性胃肠病，结肠息肉，肠结核，肠易激综合征，小肠吸收不良，严重性肠病，溃疡性结肠炎等。可以通过相应的病史检查来进行鉴别诊断。另外饮食也可以引起腹泻。所以经常腹泻，可以完善检查明确诊断。
婴儿腹泻推拿的方法是按揉宝宝的足三里，以膝盖髌骨下方的凸起处为起点，向下四指宽胫骨外侧，用大拇指的指肚按揉这一点100-200下。也可以把手掌摊开，放在宝宝的腹部，逆时针轻揉50下左右，但一定要逆时针揉腹，顺时针揉腹则是调理便秘的。还可以让宝宝平躺在床上，用一手的食指、中指、无名指并拢，用三指指腹在宝宝腹部绕圈按摩。以腕关节连同前臂作顺时针或逆时针方向环形移动摩擦，每次3-5分钟。
肠道内感染，可由病毒、细菌、真菌、寄生虫引起，以前两者多见，尤其是病毒。病毒感染寒冷季节的小儿腹泻80%由病毒感染引起。病毒性肠炎主要病原为轮状病毒，其次有诺如病毒、星状病毒、科萨奇病毒、埃可病毒、冠状病毒等。肠道外感染，有时引起消化功能紊乱，亦可产生腹泻症状，即症状性腹泻。
