小儿百日咳情况下服用镇咳祛痰的药物来治疗，如果痰液比较粘稠可以选择雾化吸入，如果经过一段时间的治疗症状没有得到缓解，是需要进行检查对症治疗，平时要注意室内空气的流通，给孩子多吃易消化的食物。
百日咳要隔离从发病起计算40天，还有就是以、痉咳出现30天为隔离期，如果是10岁以下的易感儿，如果与传染源有密切接触后，一定要检疫21天等到检疫期满，患儿才开始做全程的菌苗接种。当然也可以通过药物的预防措施，药物预防的效果也非常不错。
新生儿百日咳可以选择抗生素治疗，早期应用抗生素能够消除细菌，还可以雾化，同时要注意保证休息，避免呕吐，清除咽腔的分泌物如痰液，预防并发症，保持呼吸道的通畅，及时吸痰、吸氧。
控制传染源，进行隔离，对症支持治疗，增加营养，预防受凉。再就是抗感染治疗，选用消炎的药物进行治疗。屋内最好使用加湿器或是在屋内放置几盆清水，增加屋内的湿度，可以缓解上呼吸道不适症状。
百日咳是一种由百日咳杆菌引起的急性呼吸道传染病，主要表现为咳嗽逐渐加重，呈典型的阵发性、痉挛性咳嗽，甚至合并有鸡鸣样吸气性吼声，病程较长，持续两到三个月。如果确诊百日咳，需要控制感染源，采取隔离措施，抗感染治疗，合并有肺炎可以选用敏感的抗生素或者双联抗生素治疗。
