囊肿体积比较大，并且边界不清楚，那么就应当剖腹探查取出囊肿，送病理检查明确囊肿性质以后，再决定下一步是否后续治疗。目前没有很好的药物能减少囊肿的发生。如果囊肿不是囊性的，而是实性或囊实性，尽早做手术。因为实性或囊实性的肿物，考虑肿瘤的可能性最大。
卵巢巧克力囊肿，直径达到或超过3厘米者，应接受手术，清除“炸弹”爆炸的危险。此时手术多采取巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，传统剖腹手术或腹腔镜手术都能达到治疗目的。术后还需要服用药物巩固疗效。
确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
巧克力囊肿术后双侧附件包块说明是没有囊肿等问题，双侧附件是正常的。检查没有异常，代表卵巢没有器质性疾病，不需要治疗。平时要注意保持营养均衡，多吃豆制品有利于卵巢功能，另外也要多锻炼身体。
属于子宫内膜异位症的一种。这种疾病治疗主要是减少、去除病灶、减轻疼痛。如有不孕，还可促进生育。有生育要求的，可先用药物治疗，促进生育。症状严重的，且没有生育要求，可做保留卵巢功能的手术，术后要辅助性治疗。如症状和病变都很严重，并且没有生育要求，考虑做手术。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症引起的。对于巧克力囊肿的治疗，除了进行手术以外，不论是采取哪一种治疗方法，都有可能复发。是要根据自己的年龄以及生育要求等进行分析，选择合适的治疗方法。
