指甲真菌感染可内服药物，单纯服用抗真菌药物，如灰黄霉素、氟康唑、斯皮仁诺等药物均有一定疗效，并且方便，但因为这类药物必须达到真菌所寄生的甲板处，才能发挥抗菌作用。患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
手指和脚趾的大拇指甲真菌感染，就是常说的灰指甲，这个疾病治疗比较缓慢，使用抗真菌的药物进行治疗，至少口服半年，期间每月一次查肝功能。其指甲真菌感染，至少口服药物治疗3个月。
脚上真菌感染，都是由于卫生习惯不良被大人传染所致。必须给予正规的抗真菌药物治疗，而不是抗生素。单纯的补充维生素对于治疗真菌感染没有明显效果。可以考虑在的指甲部位涂抹特比萘芬软膏，联苯苄唑软膏等药物治疗。局部用药的情况下不会有明显的副作用。
一般来说，耳朵上真菌感染可以使用药物治疗。
外耳道真菌感染，外耳道会出现豆腐块般的白色分泌物，外耳道和耳廓也会出现红肿、潮湿的情况。可以将外耳道的分泌物用温水清洗，然后用抗菌药物滴在耳廓上，持续使用一个星期，直至所有的外耳道和耳廓症状都消失，并保持干燥。在治疗过程中要避免食用辛辣刺激的食物，辛辣刺激的食物和酒精会刺激外耳道和耳廓粘膜，导致病情反复发作。
肺上有真菌感染也叫做真菌性肺炎。通常情况下，患者可以通过药物治疗的方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果出现发热症状，可以口服布洛芬、醋氨酚等非甾体类退热镇痛药物；咳嗽的时候可以口服可待因、右美沙芬等；痰液粘稠或痰液明显时，可用盐酸氨溴索、溴己新等药物进行祛痰治疗，同时根据感染真菌的种类选择抗真菌药物，如氟康唑、伊曲康唑等。
