对于输尿管结石的治疗原则是小于5毫米的不需要特殊治疗，可以自己排出；大于5毫米小于2厘米的可以做体外碎石治疗。大于2厘米的需要手术治疗。患者可以根据超声显示的结石大小进行治疗。同时多喝水，应用消炎药预防感染。
肾结石是指生长在肾脏内的结石。如果肾结石堵塞肾盂出口或者掉落到输尿管中。就会引起肾绞痛。一般像直径小于8毫米。边缘光滑的结石。可以采取保守治疗。通过多喝水，运动，药物促进结石的排出。同时还可以体外冲击波碎石。如果结石比较大，保守治疗效果不佳，可以采取手术治疗的方法。目前微创治疗有经皮肾镜，治疗效果是非常好的。
肾结石在治疗时通常包括药物排石、体外碎石和手术排石等排石方法，临床可根据结石的大小来选择合适的排石方法，一般直径小于6毫米的结石多选择药物排石，如中药的排石冲剂和西药；6毫米到2公分之间的结石可以选择体外震波碎石，如结石过大可选择经皮肾镜和输尿管软镜碎石，或选择开放性手术进行排石。
肾结石应该进行手术治疗。肾脏结石需要根据结石的位置、大小及是否造成肾脏积水等多因素决定如何治疗。最常用的治疗方法是体外冲击波碎石。肾脏结石在2厘米以下的首选治疗方法，体外冲击波碎石无任何创伤。经过体外冲击波碎石后，需要定期进行观察随访，直至结石完全击碎排出为止。如果经过体外冲击波碎石治疗后的肾脏结石，没有任何的排出和改变，则可以选择手术治疗。
体外冲击波碎石治疗，用一种机器通过声波将结石震碎成更小的碎片。这被称为“体外冲击波碎石术”等其他外科治疗手段。输尿管内放置支架，或者是经输尿管镜碎石再取石，甚至可以经过经皮肾镜碎石术。
最重要的看患者的肾功能，如果肾功能还好，可以通过碎石，进行钬激光碎石，还有一些超声碎石经皮肾经的取石来做治疗，目前大家都知道可以微创技术，所以经皮肾的微创技术取石，现在是一种比较常见的手术方式。
