自闭症可能是由生理因素形成，如神经机能发展，生化机能发展，遗传因素或脑部受损所致。妇女怀孕期间可能因德国麻疹或风疹，使胎儿的脑部发育受损而导致自闭症。新陈代谢疾病亦会造成脑细胞功能失调，影响脑神经传递信息的功能，因而造成自闭症。还有，在怀孕期间窘迫性流产等因素而造成婴儿大脑发育不全，早产，难产，新生儿脑部受伤，以及在婴儿期患上脑炎，脑膜炎等疾病造成脑部伤害，都可能会增加罹患自闭症的机会。
自闭症也叫孤独症，是一种异质性疾病，目前还不清楚病因，有可能是由多种生物学原因导致的广泛性发育障碍导致的异常行为综合征。孤独症的发生与基因有关，基因在孤独症发病中起着举足轻重的作用，对孤独症高发家系的研究表明，孤独症与常染色体隐性基因存在一定关系。
还有一些儿童的染色体不正常的研究，神经生物学方面的原因，儿童大脑中的神经传递物质和脑电图的异常。儿童孤独症的发病与孕妇孕期感染有关。
防治方法可采用如下几种。训练干预方法：通过教育和训练促进患者语言发育，提高社会交往能力，掌握基本生活技能和学习技能。药物治疗：抗精神病药物，可减轻多动、冲动、自语、自伤和刻板行为，稳定患儿情绪，使患儿活跃、言语量增多。
孤独症通常发生在儿童中，其诱发要素与通常遗传、分娩期、免疫、环境等要素有关，特别是与环境要素的影响以及儿童童年的成长经验有关。孩子引起自闭症，是因为小时候的不幸经验，或者受到了这种类型的伤害。教育和训练是治疗自闭症的方法，问题很严重，但是可以改善。
有自闭症可以心理治疗：心理辅导在自闭症的治疗中是极其重要的，要注意帮降低自卑和孤僻心理，增强本病的信心和愿望；严禁打骂患儿，避免责备埋怨，积极鼓励和谈心沟通是较有效的方法。药物治疗：西药虽然见效快，但副作用大，很容易使孩子导致营养不良而影响骨骼的发育，停药后可能导致复发，长期服，会使对药物产生依赖。而中药则见效慢，治疗周期长，并且药物口感不好会导致孩子难以配合治疗。
