扁桃体结石不能自愈。扁桃体结石如果不加以治疗只会越长越大，不可能会在不做治疗的症状下自行愈合，所以如果患上扁桃体结石一定要积极配合医生治疗，扁桃体结石不是特别难以治疗的疾病，但是如果长期不治疗，也会使结石越长越大。
平时应该注意漱口，尤其是饭前、饭后，在咽腔壁多使用漱口水漱口，有一些小结石可以清理出来。如果结石比较顽固，也可以考虑用筷子或者小汤匙，将扁桃体结石剜出。如果反复出现炎症刺激，还可以去耳鼻喉科进行局部麻醉，将扁桃体周边结石一起切除。
长期扁桃体结石会使病人感到不适或疼痛。结石的成分中含有大量的磺胺类物质同时携带大量细菌，当结石破碎时会散发出类似臭鸡蛋气味的硫化物气体，产生令慢性口臭。
扁桃体结石多为急性扁桃体炎反复发作导致扁桃体分泌物排出受阻，导致导管阻塞分泌物潴留所致的扁桃体结石，发现扁桃体结石一般并发扁桃体充血肿胀，要想清除结石，首先要注意口腔卫生，应用口腔含漱药物，局部应用口含片，促进结石排出。
可以保守治疗，取出扁桃体结石，对于顽固的扁桃体结石保守治疗效果不好，可以考虑扁桃体切除术，能够消除咽部的不适感觉以及口臭。扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，长期处于阻塞分泌物引流不畅。
扁桃体结石可以用刮子或者钳子直接把它慢慢分离、剥出。大结石需要上麻醉药，把黏膜切开，取出来，但必须防止坠入呼吸道，因为扁桃体的位置是呼吸道和食道共同的通道，是一个门户，如果操作不慎，正好随着呼吸，吸到肺里，产生气管异物或者喉异物，会引起严重危及生命的并发症。
