治疗复发性口腔溃疡采取全方位数字自动分析仪，口腔，细菌培养，免疫检查这些来明确病因，针对性的治疗的，主要是因为免疫失衡引起的，要从中医角度去提升自身免疫力，先要找准病因，然后再针对性对因施治。
口腔溃疡的问题，在西医的角度上，考虑到是因为维生素的缺乏引起的，但补充维生素的治疗效果不佳，所以建议中药调理为基本。可与西药联合使用，控制症状能更快的康复。
是用庆大霉素注射液含漱，由于本药没有讨厌的口味，仅仅有略微有一点酸味，且口服无吸收。通过中药调理来增强体质，能从根本上消除复发，以治本为主，疗效最好，需更高层次中医调理。中药调理即能解决溃疡上火"的问题，还能调理和改善体质，彻底改变这类易上火体质。
复发性口腔溃疡可能跟营养不良、维生素缺乏、微量元素缺乏，如缺铁、叶酸、B12以及锌等有关的，平时要注意多吃蔬菜水果，可以口服葡萄糖酸锌和维生素B2，应注意保暖，防止感冒，饮食清淡忌辛辣。
以消除病因、增强体质、对症治疗为主。治疗方法应该坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合，对症治疗。口服维生素B、C和增进机体的抵抗力，有助于溃疡的愈合。
口腔溃疡根据病因不同，治疗方案也不同。如果溃疡由创伤引发，可通过去除刺激因素，同时促进溃疡愈合进行治疗。如果是复发性阿弗他溃疡，治疗方案比较复杂。常见药物为免疫抑制剂或漱口水等，病人可口服或外用。需要注意，复发性阿弗他溃疡，服用抗生素治疗无效，所以病人要在医师指导下服用药物，切忌自行服药。
口腔溃疡治疗一般是对症治疗，局部用治溃疡的药物，然后全身增强免疫力，加强体育锻炼增强体质。如果是精神因素造成，要自我调节，不要熬夜、挑食，多吃蔬菜、水果。也可以使用激光进行口腔溃疡的治疗，在诊室用激光对溃疡进行照射。
