衣原体阳性代表分泌物中可以检测出衣原体。有传染性，双方应该同时治疗，治疗期间禁止性生活。要连续不间断用药，要规则、定量、彻底治疗。平时积极锻炼身体，增强身体的抵抗力，可减少衣原体的发病率。
支原体衣原体是阳性如果没有发生其他的症状，不需要特殊治疗，因为支原体衣原体呈阳性是正常的携带状态，不代表治病。如果检测出支原体衣原体有生殖道感染或者其他的合并疾病，类似这种情况需要给予积极治疗，在经过治疗以后，支原体和衣原体的携带率能够降下来，从而加速生殖道疾病的康复。如果是孕前检查出现了此病，需要夫妻一起检查，然后再针对病情进行治疗。
针对肺炎支原体的治疗，首先需要给患者做痰液培养加药敏试验，选择药物进行对症处理，一般效果会比较理想，病程也会明显缩短。临床上一般多选择的治疗支原体药物有大环内酯类药物，一般在肺炎早期病情比较重，都是给予阿奇霉素注射液静脉点滴三天，三天后如果症状明显减轻，可以改用口服，阿奇霉素在治疗时一定要遵循一个原则是用3天停4天，7天为1个疗程，一般需要3-4周系统有效的治疗可以将肺炎支原体治愈。
儿童支原体阳性，如果检查化验出现支原体阳性，并且已经感染人体，根据检验标本的不同，提示早期没有症状，也可以先按经验服药，使用相关抗生素药物进行治疗，连续服用三天便可。
一般来说，孕妇在孕期出现了支原体和衣原体的症状，一定要及时处理，否则会造成胎儿的生长异常，严重的还会造成死亡。现在可以在医生的指导下选用的药物是阿奇霉素片，不会对生殖产生什么作用，只要坚持服用2-3个星期，定期进行复查，基本上就可以将其彻底消灭。4-6个星期后，支原体衣原体还是不能变成阴性，可以选择中止怀孕。
此外，孕妇应该保持良好的心态，同时注意休息，保证饮食营养的均衡摄入，有助于促进机体恢复。
肺炎衣原体阳性说明该类肺炎是由衣原体感染所导致，称为肺炎衣原体肺炎。肺炎衣原体肺炎是由肺炎衣原体引起的急性肺部炎症，可以做咽试纸，如果分离出肺炎衣原体则该病就可诊断。对于肺炎衣原体的治疗，首选抑菌类的药膏，疗程均为14-21天。
