通常来说，慢性肠炎肚子疼吃枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊、阿托品、山莨菪素等药。
慢性肠炎肚子疼可能是由于长期的炎症所致的肠神经受到了刺激导致的，可以口服枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等调节肠道菌群的药物，还可以配合阿托品、山莨菪素等解痉镇痛类的药物。平时也要避免食用过多的生冷和辛辣的食品，避免对肠胃造成刺激，导致病情恶化。
慢性肠炎是细菌，病毒，真菌或寄生虫引起的小肠和结肠的炎症。表现为腹痛，腹泻，稀水样便或粘液脓血便。小儿肠炎多因不洁东西所引起，故预防最要紧的是食物之清洁及保存安全。
治疗小儿慢性肠炎看医生开药，吃药加调整饮食习惯，多吃一些蔬菜水果，避免吃一些零食以及生冷刺激的食物，平常要适当的锻炼身体，有助于改善症状。多给孩子做腹部热敷，腹部保暖。
过敏性结肠炎：若患儿对牛奶蛋白过敏，且为母乳喂养，则其母亲需忌食牛奶、鸡蛋、海鲜等，可补充钙粉、维生素D等；配方奶喂养导致的过敏性结肠炎，可选择低敏配方奶粉。不宜食用油炸、油腻、辛辣的食物，还可补充奶制的食物。
能否获得治疗主要取决于引起肠炎的病因。细菌性肠炎通常发病于夏秋季节，进食不洁食物以后引起肠道菌群紊乱，通过及时的补液、以及抗生素治疗调整肠道菌群，通常可以获得治疗，而对于结核性的结肠炎，需要正规的抗结核治疗。
腹泻一般是由于饮食不洁导致了胃肠的功能紊乱所致，也有可能是由于有肠炎的存在，经常发生腹泻，有可能是由于有慢性肠炎的可能。建议可以做一次大便的常规检查，如果是有肠炎需要选择敏感的消炎药物进行治疗，也可以找中医医师把脉后中药进行调理。