脑干梗塞早期很难根治，如果超早期达到溶栓的适应症，可以进行溶栓，如果效果好，可以溶解血管中的血栓，让血管重新开放，不会留下较大的后遗症。
但对于梗死面积大，血管动脉硬化严重，不稳定斑块破裂的病人，即使提前进行溶栓，一般也会留下一些后遗症，比如吞咽困难，肢体活动不良，麻木，偏瘫，语言迟钝，饮水呛咳等等。
脑干梗死严重。会累及到患者的意识，容易出现呼吸、心脏骤停甚至可危及到患者的生命。但并不是所有的脑干梗死都是非常严重的，脑干梗死的严重程度与否，与患者脑干梗死的部位、脑干梗死的面积都有密切的关系，比如延髓背外侧的梗死，容易有猝死的风险。
脑干梗死病人临床上通常昏迷时间较长。当脑干梗塞发生时，脑干是人体的呼吸中枢。如果脑干出现严重梗塞，导致脑干交叉瘫痪，也会发生永久性昏迷。首先，当临床上发生脑梗塞时，必须考虑颜色区域的大小。如果轻微梗塞可以在大约7到15天内发生。
可能会有头晕目眩、耳鸣耳聋、视物模糊、恶心呕吐、血压升高、口眼歪斜、面部麻木、吞咽困难、意识障碍、走路不稳、共济失调、复视、偏瘫、四肢瘫等症状，不同的人可能出现的症状不同。
脑干梗死病人日常饮食中要适量吃些富含脂肪、胆固醇的食物，日常饮食可以选用低脂肪食物，并注意增加维生素纤维的摄入，如各种蔬菜，平时要少吃盐，忌高脂肪、高热量食物。
脑干梗死日常饮食中要制约摄入富含脂肪、胆固醇的食物，如：蛋黄、奶油、动物脑和内脏及各种精巧蛋糕和糖等。日常饮食宜选用低脂肪食物，如动物油、酸奶、豆类、鸡蛋蛋清、适量瘦肉、家禽、鱼类等，并注意增加维生素纤维的摄入，如各种蔬菜、瓜果、适量洋葱、大蒜、香茹、木耳等。平时要少吃盐，不要吸烟喝酒，少喝含糖的饮料。
