可能是尿路感染引起的局部不适感，其病因有：病原菌如白色念珠菌，滴虫，支原体，衣原体，淋球菌等的接触传播，局部卫生不清洁，性生活过频，不洁性交，包皮过长，饮水不足等。
尿频阴茎尿管痛是尿路感染的，尿路感染是由细菌（极少数可由真菌、原虫、病毒）直接侵袭所引起，注意外阴的清洁卫生很重要。尿路感染多有一定的诱因，故应仔细检查有无尿路结石，肾或输尿管有无畸形等情况。
尿频阴茎底部有点疼可能是因为阴茎内部有炎症，也有可能是因为尿道炎，前列腺炎等疾病导致的。阴茎是男性重要的外生殖器官，前列腺和阴茎根部相连，所以当前列腺腺体有炎症的时候，会导致阴茎出现疼痛的现象。另外尿道从阴茎内部通过，尿道出现炎症充血改变的时候，也会出现阴茎里面有点疼痛的现象。
经常这样有可能是结石或者前列腺炎，最好去医院男科检查一下，不然以后时间长了治疗效果不好，性功能降低，平时要戒除手淫，要多运动，多喝水，不熬夜，可以吃一些清热解毒的药，再吃点温补的食物。
尿频有时候会引起阴茎不舒服，但更多的原因需要考虑是跟前列腺炎有关系。前列腺是位于尿道的后段，膀胱的下方，包裹着尿道。当前列腺出现有炎症的时候，就会导致出现尿频尿不尽，尿等待，进而会影响到阴茎，所以就会使阴茎产生不舒服的临床症状。
