乙脑疫苗比较安全，仅有少数小儿会出现不良反应。注射乙脑疫苗后可出现发热，还可出现头痛、头晕、乏力、寒战等全身症状，也可出现腹痛、腹泻、呕吐等胃肠道症状，一般在1天内可自然消退。注射乙肝疫苗后还可出现局部不良反应，如注射部位发红、肿胀、出现疼痛、皮温升高等，局部的不良反应一般持续数个小时。
乙脑的症状，主要包括潜伏期的症状、初期的症状、极期的症状以及恢复期的症状。潜伏期大约为2-3周，没有很典型的症状。在初期，大约3-5天，主要表现为发热、头疼、呕吐、呼吸道症状。
乙型脑炎是由乙脑病毒引起的自然疫源性疾病，经蚊媒传播，流行于夏秋两季。无明显前驱症状，可有发热、食欲不振、轻度嗜睡、大儿童咳嗽药头痛，婴幼儿可出现腹泻。药物治疗为肾上腺皮质激素及其他治疗，对重症和早期确诊的即可应用，待体温静至38摄氏度以上持续两天即可逐渐减量，不宜超过七天。
乙脑炎的症状通常是反应速度变慢、记忆力见图等。
乙型脑炎病毒可能会导致乙型脑炎的发生，通常会影响到中枢神经。乙型脑炎的临床症状通常取决于病变的位置和病变的范围。如果是额叶，颞叶病灶发生病变，通常会有精神上的不正常的情况，患者的反应也比较慢。如果是额叶、顶叶、颞叶的病变，可能会导致癫痫的发生。也有部分患者出现海马体受累的情况，可能会导致认知能力的减退，出现记忆力减退，计算能力下降的现象，时间和空间定向力也会受到影响，甚至会出现偏侧肢体的活动不灵活，偏侧肢体的麻木等症状。
潜伏期10-15天。大多数患者症状较轻或呈无症状的隐性感染，仅少数出现中枢神经系统症状，表现为高热、意识障碍、惊厥等。体温持续上升，可达40℃以上。初期症状逐渐加重，意识明显障碍，由嗜睡、昏睡直至昏迷。昏迷越深，持续时间越长，病情越严重。
