非淋菌性尿道炎患者通常可以通过使用药物、日常护理等进行治疗。
1.使用药物：非淋菌性尿道炎患者可以在医生的指导下使用四环素类、大环内酯类等药物激进行治疗，一般能有效地控制患者的病情。
2.日常护理：非淋菌性尿道炎患者应注意休息，保证充足的睡眠，避免搔抓患处。
非淋菌性尿道炎可以通过口服抗生素和生活护理来治疗。
常用的抗生素有阿奇霉素、米诺环素等大环内酯类抗生素。饮食方面要注意清淡饮食，不要吃辛辣刺激性的食物，戒烟戒酒，不要喝浓茶、咖啡等刺激性饮料，要多喝水，勤排尿，通过尿液的冲刷作用，排出尿道内的炎性渗出物。
注意外生殖器的卫生，保持尿道口清洁干燥。治疗期间不能同房，避免交叉感染。
非淋球菌性尿道炎是由衣原体、支原体等淋球菌以外的其它病原体所引起的尿道急慢性炎症，因此在治疗上主要是使用抗菌药物。
由于这种尿道炎可以通过性接触传播，因此在治疗期间要采取防护措施，避免交叉感染。
临床上治疗非淋菌性尿道炎的药物有三大类，其中以大环内酯类使用最为广泛，常用的有阿奇霉素片、红霉素肠溶片等。此外，盐酸环丙沙星片、氧氟沙星胶囊等喹诺酮类药物，也可以用于非淋菌性尿道炎的治疗。
非淋菌性尿道炎在出现上行感染的时候，也有可能会导致前列腺炎的出现，如果发现阴茎上有一些比较小的小水泡，也有可能会是急性浅表性的龟头炎所导致的一般主要是由于包皮过长或者是严重的刺激所引起的。应该及时的进行治疗，治疗的时候会使用消炎之类的药物治疗，或者是进行输液治疗。
非淋菌性尿道炎既危害到男性又影响到女性，通常患病后会对男性的附睾带来负面影响，进而引发附睾炎，从而对生育带来影响；而对女性的危害则没有男性表现的那么直观，但是会因为病症的一再发展对宫颈、盆腔带来影响。进而引发黏液脓性宫颈炎、急性盆腔炎等病症发生，最终导致女性发生不孕。还常常会引发尿急、尿痛等情况发生。
首先需要多饮水，多排尿，对泌尿系统起到一个冲洗作用，要到专业的科室检查，分泌物，做细菌培养，加药敏试验，这样才能有针对性的用药，这期间避免有性接触。多考虑尿道的炎症反应才会出现，非淋菌性尿道炎属于一种性传播疾病。
