扁平疣治疗上可以用物理疗法或药物疗法、中医中药疗法等。物理治疗主要选用液氮冷冻和激光治疗、疣组织包埋疗法。中医中药疗法有耳后放血法、火针法、穴位注射法等。药物治疗可以服用增强免疫的药物，因为扁平疣多发生于免疫力低下人群，免疫力增强后，有自身清除病毒的可能，扁平疣是有自愈性的。
扁平疣去除一般可以进行皮损内注射或系统药物治疗等。
1、皮损内注射：平阳霉素用1%普鲁卡因稀释于疣体根部注射。维生素D3皮损内注射，对于多发性扁平疣具有一定的疗效。
2、系统药物治疗：在经过医生诊断后，在医生指导下可使用免疫调节剂，如干扰素等。
扁平疣是一种人乳头状瘤细菌。因此，如果患有扁平疣，要吃一些能清热解毒的食物。不要吃辛辣刺激的食物。对于已经形成的扁平疣，可以通过激光手术治疗。治疗后，必须注意皮肤护理。不要碰水。不要刺激皮肤，一般1-2周后会缓解。也要保证充足的睡眠，不熬夜，适当运动，提高身体免疫力。避免过度劳累。
扁平疣是由人类乳头瘤病毒引起的，大部分都是骤然出现，通常为针头至米粒大或稍大的扁平丘疹，呈圆形或不规则形，略高于皮肤表面，也可显著地凸起而形成圆顶状.表面光滑，境界清楚，触之较硬，为浅褐或灰白，淡黄或正常皮色.大部分散存在或密集成群。
扁平疣并不是瘊子。虽然扁平疣和瘊子都是皮肤表面赘生物，有许多相似之处外，还有许多不同之处。扁平疣，皮色或粉红色的扁平丘疹，多见于面部、手背、手臂，表面光滑稍隆起，呈圆形、椭圆形或多角形，边界清楚，可密集分布或因为搔抓而呈线状排列，无自觉症状，部分人可能会感觉轻微瘙痒。
