确诊后宜立即手术，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。年轻未生育者在吸引和彻底冲洗吸引溢入盆腔内的囊液后，做囊肿剥出术，尽量保存正常卵巢组织，对维持卵巢功能和内分泌功能有助，对日后增加孕育机会也有助。
附件巧克力囊肿症状有：痛经、性生活痛、月经不调、腹膜炎和不孕，建议腹腔镜手术剥除囊肿，分离盆腔粘连，预防巧囊复发，建议尽快完成生育计划，以免出现避孕症，建议当地医院妇科就诊检查。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症引起的。对于巧克力囊肿的治疗，除了进行手术以外，不论是采取哪一种治疗方法，都有可能复发。是要根据自己的年龄以及生育要求等进行分析，选择合适的治疗方法。
巧克力囊肿表现主要为痛经，性交疼痛，不孕症等。当囊肿增大到3厘米以上，自发破裂的风险开始出现，并逐渐增加等长到一定大小，会自发破裂。还有很多是有尿频和排尿困难，有频繁出血的现象。
痛经：这是巧克力囊肿的主要症状，为继发性且逐年加重，但也有少数病人无明显的痛经。性生活痛：子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；月经不调：月经过多，月经血量多，也是巧克力囊肿临床常见症状之一；腹膜炎；不孕：多数子宫内膜异位症病人伴有不孕症。
好治，对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，可以采用保守性手术，不过，经保守性手术后仍有可能复发。病人应坚持随访并争取尽早怀孕，对40岁以上，年龄较大且无生育要求的妇女，可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。
