根据类型选择不同的手术方法。手术方法有腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，或高位锁肛：是切开骶尾部和腹部，把直肠盲端拖至会阴做成肛门。术后需要注意护理，以免出现感染。
一经诊断，根据情况选择行合适的手术治疗。低位无肛未合并瘘管者或者瘘管极细无法维持排便排气者，可行会阴肛门成形术。低位型合并直肠舟状窝瘘、直肠皮肤瘘、肛门狭窄和瘘管较粗着可先行扩肛。
可采用低位型合并直肠舟状窝瘘、直肠皮肤瘘、肛门狭窄和瘘管较粗着可先行扩肛，扩张器逐渐加大以保证正常排便，待6-12个月后根据情况决定采取肛门移位或成形术。或是腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术等。肛门闭锁又称低位肛门直肠闭锁，由于原始肛发育异常，未形成肛管，致使直肠与外界不通。
先天性肛门闭锁又称锁肛指新生儿肠道没有出口，有时合并直肠尿道瘘或直肠阴道瘘，其治疗分三种情况：新生儿肛门完全没有出口需立即手术，否则导致肠梗阻、常坏死，新生儿死亡；新生儿并发直肠阴道瘘或直肠尿道瘘，大便从阴道或尿道内流出，这类患儿不会导致死亡，但如尿道或阴道存留粪便太多会引起阴道炎或膀胱炎；如闭塞不通的直肠下端位于控制肛门开闭的肛门括约肌上，应在新生儿出生后在腹壁做一直肠造口（人工肛门），在1岁左右再二期手术造肛门。
治肛门闭锁手术的费用一般是1万-3万元。出现先天性肛门闭锁应外科手术治疗，其目的是重建具有正常控制功能的排便肛门，因为受地域因素的影响，不同的城市治疗的标准是不同的，因此费用也与地域因素有一定的关系。
当胎儿宫内窘迫时，会引起肠缺血和痉挛，肛门括约肌因松弛而排出胎粪污染羊水。当胎儿缺氧时，首先是呼吸暂停，然后含胎粪的羊水被吸入呼吸道中，引起呼吸道感染等一系列症状，出现后以呼吸急迫为主，同时伴有其他脏器的损伤。
