会造成口干，灼热，长期使用治疗性漱口水容易使牙齿及口腔黏膜表面着色，使味蕾的味觉降低，并抑制唾液的分泌，造成口干，灼痛等不适症状。因此药物性漱口水需要在指导下有选择地使用，不能自行长期使用。
用漱口水口腔有刺痛感，一方面是本身口腔内可能有伤口的存在，或者有黏膜炎症，所以会比较敏感疼痛；另外一方面就是漱口水的刺激性比较强，浓度比较高，所以也会刺激粘膜，导致粘膜的不适。
一般情况下，龋齿痛可以用氯己定漱口水。但是用漱口水并不能治疗牙疼，漱口水只能辅助保持口腔卫生。龋齿痛的原因可能有很多，包括龋齿、牙髓炎、根尖周炎等。
建议患者及时到医院完善相关检查，明确病因后进行对症治疗，改善不适。同时建议患者在平时要保持口腔部位的清洁卫生，饭后漱口。平时也要少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
孕妇在怀孕期间，由于体内激素水平的升高，往往60%以上的孕妇会出现牙龈的水肿，感染牙龈炎，牙周炎的机会相对增多。在刷牙的时候往往会出现出血的现象，所以这种孕妇往往选择漱口水，所以孕妇是可以用漱口水的。但是要孕妇使用好的漱口水，也可以到口腔门诊去购买专业的漱口水。
不能天天用，漱口水分为清洁类型以及治疗类型两种制剂，起到治疗效果的漱口水中含有大量的消炎成分，长期使用会导致口腔中的菌群失调引发牙龈炎或者牙周炎等口腔疾病。
漱口水只有在急性炎症的期间可以使用，大家每个人在家里可以养成饭后漱口的习惯，通过一般的漱口可以有效的清除食物残渣，平时还是应该尽量养成早晚刷牙，每次刷三分钟的习惯，漱口水它一个是机械冲洗的作用。个人认为它是不能代替刷牙的，只能在牙齿出现急性炎症，或者口腔有一些溃疡等疾病，不能刷牙的时候，进行辅助的帮助口腔清洁。
