最常见的不良反应是胃肠道的反应如厌食，恶心，呕吐，胃部不适，反酸，烧心，还有牙龈增生伴出血疼痛，容易造成肾损害，高血压。不常见的不良反应有惊厥，肝功能异常，胆汁淤积，高尿酸血症，血小板减少，肢体感觉异常，高血糖过敏，白细胞减少，血尿等。
通常服用到环孢素怀孕第十二周后停药。
若是孕妇因为肾脏移植后需要服用环孢素来抑制排斥反应，在怀孕以后，需要一直服用环孢素，不应该出现停药的现象。可能是因为出现停药的情况，可能会导致肾脏出现明显的排斥反应，严重者会出现肾坏死的情况。若是孕妇在怀孕后出现胚胎停育的情况，服用环孢素进行治疗，需要到怀孕十二周后在进行停药的情况。
一般情况下，甲亢突眼能用滴眼液，具体内容如下：
甲状腺功能亢进合并浸润性突眼是比较普遍的情况，滴眼液可以起到一定的缓解效果，可以用地塞米松或氢化可的松眼液滴眼；如果有结膜炎、角膜炎等情况，还可以用抗生素眼液滴眼；如果出现眼部；肿胀和高眼压的症状，可以使用噻马心安滴眼液来缓解眼压。建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
目前尚无妊娠妇女使用环孢素有效性的临床大样本研究，但根据小样本研究，孕妇用环孢素并不对胎儿产生很大的影响。在对器官移植妇女使用环孢素的研究中发现，仅可能导致低体重儿和早产。
环孢素是一种新型的T淋巴细胞调节剂，能特异性的抑制辅助性T淋巴细胞的活性，在临床上可以用于再生障碍性贫血的治疗。另外，还可以用于难治性自身免疫性血小板减少性紫癜，难治性狼疮肾炎等的治疗。还可以用于预防和治疗骨髓移植时发生的移植物抗宿主反应，以及其他器官和组织移植所发生的排斥反应等。其主要不良反应为肾毒性，牙龈增生，恶心，呕吐，厌食等胃肠道反应等。
