做穿刺的危害有，针口小可能导致取出的样本过少，分析不全面，也会受到肿物局部性质不一样而不准确等。但是做穿刺的优势也比较多，可以说几乎无创口，损伤小，可信度高。
为提高穿刺的准确率，可以在B超的引导进行穿刺，淋巴结穿刺准确率是比较高的可达95%以上，由于淋巴结穿刺取材较小，有可能出现假阳性，故其准确度比淋巴结活检的准确率差，如果穿刺不能够确诊可以改为淋巴结活检术。
会因为穿刺导致针道的感染和播散。穿刺手术实际上是一种微创手术。该项检查对于身体健康的危害并不是很大，基本上可忽略不计。细针甲状腺穿刺活检，主要是用于鉴别甲状腺结节的良恶性。这种操作并没有很大的风险和危险。
脐带穿刺是指穿刺针穿过子宫壁，进入羊膜腔，在B超的引导下，通过脐带穿刺，提取胎儿的动脉。由于妊娠太大，不能进行羊水穿刺，故脐带穿刺危险性高。
脐带穿刺能检查主要有两个方面，一是采集血液中的胎儿DNA，检查胎儿有没有遗传疾病。二是要做血液培养，以确定是否感染了巨细胞病毒、风疹病毒、弓形虫等感染性疾病。
大部分穿刺活检的结果都是准确的。只有少部分穿刺活检结果不够准确，因为穿刺的时候，只是取出组织细胞中的一小部分，有可能这一小部分组织，没有取到病变的细胞，从而得不到阳性结果，所以穿刺结果不一定准确。
骨髓穿刺术是采取骨髓液的一种常用诊断技术，其检查内容包括细胞学、原虫和细菌学等几个方面。适用于各种血液病的诊断、鉴别诊断及治疗随访；不明原因的红细胞、白细胞、血小板数量增多或减少及形态学异常，不明原因发热的诊断与鉴别诊断，可作骨髓培养，骨髓涂片找寄生虫等。髓穿刺虽为有创性检查，但因操作简单、骨髓液抽取少、病人痛苦小，故对机体无大的损害，不需要特殊护理。
