卵巢巧克力囊肿主要是手术治疗，术后因为卵巢囊肿具有复发性，所以如果计划怀孕，尽快准备怀孕。否则一旦巧克力囊肿复发，会导致不孕不育的可能。没有计划怀孕者在术后可以用药物治疗，连续用药3个月到半年的时间，避免巧克力囊肿复发。另外，也可以上宫内节育器，主要是可以导致子宫内膜萎缩。这样在临床上导致闭经的情况，也会抑制巧克力囊肿的复发。
发现患有巧克力囊肿的时候一定要积极的进行手术治疗，因为手术治疗卵巢巧克力囊肿是目前为止能够较为彻底地清除囊肿的一种治疗方式，而且通过手术的方式还可以有效的缓解痛经，提高生活质量，对于有不孕症的病人，手术后妊娠率能够得以提高。
左卵巢巧克力囊肿不是太好治疗。药物治疗效果不佳，有手术指征，建议行腹腔镜下卵巢囊肿剔除术，若病理检查确诊是巧克力囊肿，术后还须服用一些激素的半年预防复发。平时饮食上也要多注意。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
卵巢巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。
巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
