肛瘘治疗的原则是采取手术方法进行治疗。单纯性肛瘘未见症状反复发作，肛瘘处于静止期，可以暂时观察，肛瘘反复肿痛、流脓、反复发作，因为肿痛、流脓反复发作可以刺激局部组织增生，反复增生容易造成局部组织恶变的可能性，则需要手术治疗。
肛瘘多数由直肠肛管周围脓肿引起，肛瘘是脓肿的后期，病人前期肛门处点疼痛没注意，脓肿破溃后，没有进一步治疗，感染就会像肛管的方向发展，形成肛瘘。肛瘘的病人一般用消炎药，外用药很难好，如果肛瘘要尽快到医院做择期手术治疗。
肛瘘是可以癌变的。尤其是久治不愈的肛瘘或者是长时间不治的肛瘘。肛瘘是常见的肛门直肠疾病，一旦形成肛漏，几乎没有自愈的机会，需及时的外科手术。肛瘘的反复炎症刺激使炎性细胞增生进而引起细胞的变异，发生癌变。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
考虑还是存在肛瘘，它的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。到正规大医院肛肠科好好咨询检查明确诊断，如果病情轻的话，可以采用保守治疗。如果药物效果不好，或者病情继续加重，就需要做手术了，通过手术将瘘管全部切开。
