卡介苗一般在新生儿出生当日接种。如有困难未及时接种者，应于产后三个月内接种，超过三个月未接种应先做结核菌素试验，确诊未感染结核才可接种卡介苗。出生时接种过卡介苗的新生儿，三个月后应到当地结核病防治所去检查卡介苗是否接种成功，即使能看到卡疤，建议还是以结核菌素实验结果为判断依据。如果结核菌素实验阴性代表接种不成功，还需重新接种卡介苗。
卡介苗接种成功标志是有个卡介苗疤痕，就像是受伤后的皮肤留下的疤痕。没有任何反应是没有接种上，正常应该会有一个小硬结，溃烂，愈合后留下疤痕就是接种成功了。
卡介苗接种国家规定不收取任何费用，免费为宝宝接种疫苗。在给婴儿接种卡介苗时，应该注意，如果婴儿有感冒症状，就不应该接种卡介苗。此外，如果接种了卡介苗，一周内不能服用任何药物，因为这些药物会影响体内抗生素的产生。
卡介苗为出生时接种1剂；接种部位：上臂外侧三角肌中部略下方处；接种途径：皮内注射，严禁皮下或肌肉注射；未接种卡介苗的小于3月龄的健康儿童可直接补种。3月龄到3岁儿童PPD皮试阴性者应予补种。大于等于4岁的儿童不予补种。已经接种卡介苗的儿童即使未形成卡疤，也不予以补种。
接种卡介苗4-6周变成脓包或溃烂，此时不要挤压和包扎。在打了卡介苗后10～14天，接种部位会有红色小结节，小结节逐渐变大，同时伴有痛痒感，溃疡经两三个月会自动恢复，有时同侧腋窝淋巴结肿大。
新生儿在出生后要打的是卡介苗和乙型肝炎，在生后三日就要进行皮下注射。
如有皮肤的病变、发烧等早产儿，可以暂时停止使用卡介苗，因为有可能存在先天免疫障碍的婴儿不能打卡介苗，以免引起身体的全面感染。在出生24小时以内注射乙型肝炎，第二、三次注射分别为1-6个月。如果母亲是乙肝病毒携带者，那么孩子出生后6个小时内要注射100个单位的高质量的乙肝免疫球蛋白，还要打乙肝疫苗。
