脑脓肿是细菌感染，通过血脑屏障侵犯脑膜，所以脑脓肿治疗后也可能会有后遗症，比较常见的后遗症是头疼、肢体偏瘫、意识丧失、卧床高热、感染等，所以要长期的使用抗病毒药物治疗，另外要加强护理，尽量防止病人感冒或者是肺炎等。
脑脓肿和脑出血需要到医院进行头部CT检查，了解脓肿和脑出血的位置和数量，然后定期治疗。去医院做神经外科治疗，定期治疗。需要预防头部受伤，保持心情舒畅，避免吸烟和饮酒，吃刺激性辛辣的食物，多喝开水，确保充足的睡眠，避免疲劳，避免感冒等。
脑脓肿治疗的时间，一般都很长，起码讲抗炎可能要4~6周，经过4~6周的抗炎，才能开展下一步治疗。
还需要根据患者影像学结果来观察其脓肿，是已接近切除，还是已被彻底包埋，之后患者症状是否得到了彻底缓解，进而确定是否需要持续抗炎治疗。
总之其抗感染时间，相对于其他的肺炎、腹腔等感染，治疗时间，大概相对长一点。
脑脓肿的病原体主要为各种化脓性细菌，包括链球菌、葡萄球菌、肺炎球菌、大肠杆菌、变形杆菌和绿脓杆菌等引起的。真菌，主要是霉菌引起的脑脓肿很少见，主要见于免疫功能低下的病人。脓肿多为单发，也可为多发。
需要应用抗生素治疗来促进炎症消退，另外可以进行细菌培养和药敏试验检查，检查结果选择敏感的抗生素，如果出现进一步加重，需要进行手术处理，切除脓肿，导致出现脑炎或脑膜炎，可以进行腰大池引流治疗。
