小孩生殖器囊肿通常是皮口或尿道外口。
包皮口囊肿在包皮交界处，治疗以手术切除为主，若包皮囊肿较大，建议进行包皮环切。若囊肿在尿道外口，建议进行囊肿剪开或剥离，创面要垫住缝合。囊肿具体病因不明，是一种良性病变，切除后没有不良的反应，术后要留置尿管预防，预防切口感染，感染会难以愈合，容易形成瘢痕。也可以选择注射治疗，生殖器部位不建议用注射治疗，防止不良反应。通常囊肿不会很大，早期可以观察，多数预后良好。
肛门旁边有囊肿使用手术切除比较好，多是良性病变，而囊肿逐渐增大会出现疼痛，影响到排便的功能，所以说可以择期局部麻醉下将肛周皮下的囊肿进行切除，术后预防感染，注意卫生。
附睾头囊肿一般都比较小，不需要特殊的治疗。附睾分为头部、体部和尾部三部分，附睾是精子成熟的场所，附睾头部会分泌大量的附睾液，促成精子的成熟。同时，附睾也是精子运输的通道，附睾囊肿都是偶然发现或者做彩超提示有囊肿，囊肿是良性的病变，一般是不需要处理的。
肛周囊肿可以去肛肠科或者去外科。这是因为病菌侵袭了肛窦黏膜从而引发纤维化包裹，引发了囊肿形成。需要进行肛诊检查，明确诊断后行局部麻醉下囊肿摘除术，术后清洁换药输液抗炎等药物治疗。
考虑没有太大的危害，就是会影响美观，如果很在意，可以去医院检查看看，是可以进行手术切除的，并且手术已经非常成熟了，术后的并发症和复发反应还是比较小的。
